本會以董事會為最高決策機關，設董事21-25人，包括常務董事9-13人（含財務常董1人），董事長為代表人。

本會係由臺灣財務報導準則委員會、會計問題研議小組、審計及確信準則委員會、評價準則委員會、永續準則委員會、臺灣企業會計準則委員會、XBRL委員會、會計研究月刊及負責執行例行業務之秘書單位所組成。

為推動本會各項業務，設執行長1人，綜理本會一切行政事務。下設副執行長1至2人，襄助處理會務，並設研究處、教育推廣處、管理處等單位。此外，另設置「會計研究中心」，採會員制以擴大參與。本會組織圖列示如下：